臭氧發生器使用有講究：在氣相條件中，臭氧殺滅微生物的效果，受多個因素的影響。其中臭氧濃度、溫度、濕度、處理時間的變化對臭氧空氣消毒影響較大，而臭氧分布方式，室內物品多少、材料，細菌各類等也是影響效果的因素。

在氣相條件中，臭氧殺滅微生物的效果，受多個因素的影響。其中臭氧濃度、溫度、濕度、處理時間的變化對臭氧空氣消毒影響較大，而臭氧分布方式，室內物品多少、材料，細菌種類等也是影響效果的因素。

臭氧比空氣略重，因此臭氧發生器應放置于高處，臭氧發生器產生臭氧后的下墜過程即是殺菌消毒的過程。因為不宜把臭氧發生器安置在低位，即由臭氧堆積的方式會影響空氣消毒效果。室內物品越多，增加了處理表面積，處理時間也越長。另外經實驗證明，臭氧對人、動物的致病菌、病毒均具有很強的溶菌性殺滅作用。

在常溫下，臭氧的分解時間約為20分鐘(20~30℃)，溫度越高，分解速度越快。在室內實際操作中，應保證有半個小時持續消毒時間。空氣的濕度也是影響效果的重要因素之一，相對濕度>70%，殺滅效果能很好的體現出來。這是由于相對濕度提高，可以使細胞膨脹、細胞壁變薄，使之更容易受到臭氧的參透溶解。因此，在地上灑水，以增強殺菌效果是有一定道理的。

臭氧的濃度則關乎臭氧毒性、腐蝕性和安全性。臭氧本身是無毒物質安全氣體。其“毒性”主要是其強氧化能力。在濃度高于1.5ppm以上時，人員須離開現場，原因是臭氧刺激人的呼吸系統，造成呼吸系統的應激性反應，嚴重的會造成可逆性傷害。為此，國際臭氧協會(IOA)制定衛生標準：國際臭氧協會：0.1ppm，接觸10小時;美國：0.1ppm，接觸8小時;中國0.15ppm，接觸8小時，臭氧濃度在0.02ppm時，嗅覺靈敏的人便可覺察，稱為感覺臨界值，濃度在0.15ppm時為嗅覺臨界值，一般人都能嗅出，也是衛生標準點。當濃度達到1~10ppm時，稱為刺激范圍。事實上安全使用臭氧完全可以保證人的健康不受危害。臭氧應用一百多年來，至今世界上無一例因臭氧中毒死亡事故發生。

在具體使用時， 臭氧發生器 使用過程應與人員隔離，一般的臭氧發生裝置都是自動控制的，只要設定好相關參數，即可以實現無人值守。這與化學消毒劑噴霧消毒需要專門培訓過的人員現場操作相比，對人員的身體健康更有保證。

臭氧具有很強的氧化性，臭氧可以氧化很多金屬，鋁、鋅、鉛與臭氧接觸會產生氧化腐蝕，但含25%Cr的鉻鐵合金(不銹鋼)基本上不會受臭氧腐蝕。因此， 臭氧發生器 的材料，必須有講究。